單細(xì)胞測序技術(shù)為基礎(chǔ)科研、臨床診斷、藥物研發(fā)等領(lǐng)域提供了諸多全新發(fā)現(xiàn)視角。現(xiàn)階段主流的單細(xì)胞測序，大多是基于 10X?Genomics、BD Rhapsody 等單細(xì)胞捕獲設(shè)備獲得 cDNA 后進行打斷、擴增、建庫，并用二代測序分析基因的整體定量。然而，基因在不同組織、不同細(xì)胞亞群中會使用 mRNA 的不同轉(zhuǎn)錄本，同時也包括 InCRNA；此外 SNV、融合基因等結(jié)構(gòu)變異也具有組織和細(xì)胞特異性，目前基于二代測序的單細(xì)胞數(shù)據(jù)局限于 3'或 5' 端的 100~150bp，因此較難滿足這類需求：而傳統(tǒng)的 Smart-seq 雖然可以實現(xiàn)全長轉(zhuǎn)錄本覆蓋，但轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)分析需要經(jīng)過組裝且細(xì)胞通量較低，成本較高，研究單細(xì)胞水平的可變剪切仍然較為困難。

三代測序如 Pacbio、Nanopore 等技術(shù)能夠以其長讀長的優(yōu)勢解決這一痛點。因此，如果能將二代測序與三代測序相結(jié)合，既能獲得 mRNA 的全長序列，并通過 Cell?Barcode 信息定位到細(xì)胞亞群，即可解決這一單細(xì)胞研究領(lǐng)域的痛點。但是，我們在前期測試中發(fā)現(xiàn)，二代單細(xì)胞測序一般獲得約 3 萬個基因的表達矩陣，三代全長測序能獲得超過 10 萬個轉(zhuǎn)錄本的表達矩陣，兩套數(shù)據(jù)的聚類圖譜差異巨大，現(xiàn)有的分析流程并未很好的解決兩套數(shù)據(jù)的整合問題。因此，如何從龐大的二代 + 三代，也即基因 + 轉(zhuǎn)錄本的單細(xì)胞數(shù)據(jù)中，挖掘到有價值的特異性轉(zhuǎn)錄本，能夠為單細(xì)胞臨床轉(zhuǎn)化、藥物靶點發(fā)現(xiàn)帶來更加精細(xì)的挖掘角度。

伯豪生物基于十多年的單細(xì)胞組學(xué)服務(wù)經(jīng)驗，可提供從樣品保存、運輸、單細(xì)胞懸液制備，到單細(xì)胞分選、建庫和數(shù)據(jù)分析的解決方案。同時，及智醫(yī)學(xué)團隊出身單細(xì)胞科研服務(wù)行業(yè)，重點圍繞單細(xì)胞富集與檢測平臺、單細(xì)胞測序技術(shù)平臺和基于 AI 算法的單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析算法平臺。建立了單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組、空間轉(zhuǎn)錄組、單細(xì)胞聯(lián)合 Bulk 多組學(xué)等多種獨特的分析流程和方法，尤其擅長各類免疫細(xì)胞與基質(zhì)細(xì)胞的分類、功能解析、細(xì)胞互作、藥物靶點篩選等分析項目。最終通過積累的上百種單細(xì)胞分析方法與百萬級別單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫，為單細(xì)胞臨床轉(zhuǎn)化類項目提供專業(yè)研發(fā)服務(wù)。團隊生信專家通過高效的自動化分析腳本，并歷時數(shù)月的二代 + 三代單細(xì)胞算法測試，目前已經(jīng)解決了二代 + 三代單細(xì)胞聚類的諸多分析難點。

伯豪生物與及智醫(yī)學(xué)強強聯(lián)合，正式推出單細(xì)胞全長轉(zhuǎn)錄本測序服務(wù)，即單細(xì)胞 cDNA 水平的轉(zhuǎn)錄、遺傳變異研究，通過一次捕獲，兩次建庫，同時獲得單細(xì)胞聚類與轉(zhuǎn)錄本信息：

目前，該技術(shù)方向為如下科研問題，提供了潛在的解決辦法：

1、發(fā)現(xiàn)不同細(xì)胞攜帶的突變，攜帶突變的細(xì)胞與非突變細(xì)胞相比、攜帶不同突變類型的細(xì)胞相比，挖掘基因表達規(guī)律；

2、挖掘功能基因，如膜蛋白、分泌蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等編碼基因的轉(zhuǎn)錄本使用情況，并發(fā)現(xiàn)全新功能的轉(zhuǎn)錄本；

3、發(fā)現(xiàn)融合基因所在的細(xì)胞亞群，研究它們與其它腫瘤細(xì)胞的擬時序分化關(guān)系；

4、發(fā)現(xiàn)亞群特異性的全新 IncRNA；

5、獲得亞群特異性表達的轉(zhuǎn)錄本，能夠輔助小核酸類藥物開發(fā)企業(yè)，針對該特異性轉(zhuǎn)錄本設(shè)計 siRNA 干擾片段，提升小核酸干擾靶點的有效性。

案例解析

2021 年 11 月 11 日，來自澳大利亞 ? 沃爾特 - 伊麗莎霍爾醫(yī)學(xué)研究所的 Tian 等人開發(fā)了一種基于 Nanopore 測序和 10X?Genomics 的全長轉(zhuǎn)錄組單細(xì)胞測序方法，分析單細(xì)胞中的全長異構(gòu)體、可變剪接和突變檢測。研究成果發(fā)表在國際知名期刊 GenomeBiology (IF=13.6)，論文題目為 "Comprehensive?characterization?ofsingle-cell?full-length?isoforms?in?human?and?mouse?with?long-read?sequencing"。

文章中，使用 10X Genomics 技術(shù)分選得到單細(xì)胞的全長 cDNA 后，將 cDNA 一分為二，一份進行打斷建庫用于二代測序，另一份進行全長擴增建庫用于 Nanopore 三代測序。此時 Nanopore 的文庫上也包含了細(xì)胞 Barcode, 后續(xù)可以通過分析流程將三代測序和二代測序結(jié)果通過細(xì)胞 Barcode 一 一 對 應(yīng)。通過這樣的方式，即實現(xiàn)了獲得全長轉(zhuǎn)錄本，分析亞群的特征性轉(zhuǎn)錄本使用，并同時拿到了突變所在細(xì)胞。

文章數(shù)據(jù)分析顯示其中 40%-60% 的 Nanoporereads 可以分配給預(yù)期的 Barcode, 并保留用于后續(xù)分析（圖 C)。在數(shù)據(jù)處理過程中，非全長且不能唯一分配給轉(zhuǎn)錄本的數(shù)據(jù)被丟棄。最終每個細(xì)胞的平均 UMI 為 10,000 至 60,000 個，并且與對應(yīng)的短讀數(shù)據(jù)情況相符（圖 D)。Nanopore 和 Ilumina 數(shù)據(jù)的基因水平的 UMI 計數(shù)也高度一致（圖 E）

文章數(shù)據(jù)分析顯示其中 40%-60% 的 Nanoporereads 可以分配給預(yù)期的 Barcode, 并保留用于后續(xù)分析（圖 C)。在數(shù)據(jù)處理過程中，非全長且不能唯一分配給轉(zhuǎn)錄本的數(shù)據(jù)被丟棄。最終每個細(xì)胞的平均 UMI 為 10,000 至 60,000 個，并且與對應(yīng)的短讀數(shù)據(jù)情況相符（圖 D)。Nanopore 和 Ilumina 數(shù)據(jù)的基因水平的 UMI 計數(shù)也高度一致（圖 E）

通過聚類分析發(fā)現(xiàn)，CLL(慢性淋巴細(xì)胞白血?。┘?xì)胞相比正常免疫細(xì)胞具有更高比例的新型轉(zhuǎn)錄本，特別是新型剪接的轉(zhuǎn)錄本。同樣，相比激活的干細(xì)胞，靜態(tài)肌肉干細(xì)胞也有更高比例的新型轉(zhuǎn)錄本（圖 D)。

分析發(fā)現(xiàn)，約 80% 的基因可以表達多種轉(zhuǎn)錄本（圖 E)，但是大多數(shù)基因主要表達 1 到 2 種轉(zhuǎn)錄本類型（圖 F)，約 30% 的基因含有多于一種的可變剪接事件，意味著 2 個最高表達的異構(gòu)體可能涉及多個外顯子的復(fù)雜剪接變化而產(chǎn)生不同。

文章通過分析 CLL 數(shù)據(jù)，檢測到 CD45 的多種亞型（圖 G)，CD45 的表達通過 CITE-seg 進行驗證。CITEseg 可以同時檢測 RNA 和細(xì)胞表面蛋白，這種方法結(jié)合三代測序，可以對細(xì)胞表面蛋白進行更深入的分析和探索。

對 CLL 數(shù)據(jù)集進行分析，尋找只存在于癌細(xì)胞中的，且在不同的 CL 轉(zhuǎn)錄簇中具有不同等位基因頻率的 SNVS，通過經(jīng)典的曼哈頓圖最終發(fā)現(xiàn)四個變異在不同的 CLL 聚類呈現(xiàn)顯著差異（圖 C， 圖 ?D)。其中發(fā)現(xiàn)的 Gly101Val 突變，此突變已被證實通過降低 BCL2 對 venetoclax 的親和力而使患者對 venetoclax 治療產(chǎn)生耐藥性，通過分析發(fā)現(xiàn)患者 CLL2 攜帶約 25% 的 GIV101Va| 突變，并發(fā)現(xiàn)該突變不僅屬于亞克隆，而且與特定的轉(zhuǎn)錄簇相關(guān)（圖 E)。

單細(xì)胞全長轉(zhuǎn)錄本測序的樣品選擇與實驗細(xì)節(jié)

由于單細(xì)胞全長測序需要對 mRNA 反轉(zhuǎn)錄后的 cDNA 全長進行測序，核心是需要將完整的全長 cDNA 擴增至 2ug 的 ?Nanopore 建庫起始量，而常規(guī)單細(xì)胞是將一鏈 cDNA 做基礎(chǔ)擴增后全部打斷用來做建庫測序，因此，這一實驗細(xì)節(jié)就意味著單細(xì)胞全長測序需要額外質(zhì)控。

一、樣品選擇：

常規(guī)單細(xì)胞測序樣品來源分為新鮮采集與液氮速凍兩種類型，兩種類型的樣品需要兩種處理方式，新鮮采集樣品需要在 48h 內(nèi)制備懸波并上機，液氮速凍樣品需要將細(xì)胞膜破碎，丟棄細(xì)胞質(zhì)，分離提取細(xì)胞核，用單個核來做單細(xì)胞測序。

不過，由于細(xì)胞核里面的 RNA 大多為初始 RNA，包含有較多內(nèi)含子，而從初始 RNA 加工為成熱 mRNA 的過程大多發(fā)生在細(xì)胞質(zhì)中，因此，抽核類的項目并不太適用于單細(xì)胞全長測序。雖然在 2022 年 7 月份一篇 Nature?Biotechnoloey 的文章是對人腦抽核后的單細(xì)胞樣品進行三代全長測序，不過由于拿不到成熟 mRNA，文章是站在了特定基因在不同亞群的外顯子保留這樣的科研角度統(tǒng)計規(guī)律（如下圖）。文章角度非常新穎，也是科研界首次用單細(xì)胞全長測序發(fā)現(xiàn)，人腦中某些基因在不同亞群中使用不同的外顯子組合，生成多種編碼蛋白。不過，由于最終拿到的仍舊是細(xì)胞核內(nèi)的 RNA，后續(xù)還需要大量驗證工作，因此抽核后做單細(xì)胞全長測序的臨床轉(zhuǎn)化價值較小。所以，單細(xì)胞全長測序的項目最適宜采集新鮮樣品制備細(xì)胞懸液，捕獲成熟 mRNA 開展后續(xù)驗證工作。

經(jīng)三代單細(xì)胞全長測序發(fā)現(xiàn) CADMI 基因在人腦神經(jīng)元（興奮性、抑制性）、星膠、小膠、少突細(xì)胞亞群中，會使用不同的外顯子組合。原文也有用蛋白質(zhì)譜技術(shù)對這些外顯子的多肽產(chǎn)物進行驗證的工作。

二、懸液質(zhì)控：

在收集到新鮮樣品之后，可以使用單細(xì)胞組織保護液（伯優(yōu)?單細(xì)胞組織保存液）將樣品在 24h-48h 內(nèi)從臨床運輸至實驗室進行懸液解離，并通過顯微鏡、細(xì)胞計數(shù)儀檢測懸液質(zhì)量。

由于全長單細(xì)胞對 RNA 質(zhì)量要求較高，比較建議懸液活率在 85% 以上，同時用臺盼藍、AO/PI 雙染鑒定，并用顯微鏡仔細(xì)觀察細(xì)胞真實活率、紅細(xì)胞比例（紅細(xì)胞在光鏡下，可以觀察到圓餅狀的亮圈，中間有黑色小點，有經(jīng)驗的單細(xì)胞實驗員可以通過肉眼觀察判斷出來，而不少品牌的細(xì)胞計數(shù)儀有可能會把紅細(xì)胞計算為碎片，甚至檢測不到）。

另外，現(xiàn)階段二代單細(xì)胞測序，單個樣品的數(shù)據(jù)量大多為 100G，可以容納 5000-8000 左右的細(xì)胞捕獲量；而三代測序成本較高，站在節(jié)省經(jīng)費的角度，建議一方面準(zhǔn)確的對細(xì)胞懸液的濃度進行測定（不可單純依靠細(xì)胞計數(shù)儀），來控制上機細(xì)胞總數(shù)（建議上機不超過 1 萬個細(xì)胞）；同時也要結(jié)合不同品牌單細(xì)胞捕獲設(shè)備的真實捕獲率（這點最好找成熟單細(xì)胞科研服務(wù)公司來完成）來進行綜合判定（建議捕獲不超 5000 個細(xì)胞如果超過 5000 需要增加三代測序數(shù)據(jù)量）。

三、文庫制備

單細(xì)胞全長轉(zhuǎn)錄本測序，只需要一次捕獲，拿到一鏈 CDNA 之后要立刻進行全長擴增，如下圖：

? 因此，就需要將已擴增好的 cDNA 全長進行質(zhì)控：

如上圖，cDNA 條帶主峰在 1 -1.5kb 左右，下一步可以聯(lián)系三代測序工廠寄送樣品，由他們進行建庫測序。但是，也要測序工廠及時反饋三代文庫的質(zhì)檢圖片，要求文庫主峰與 cDNA 條帶主峰一致，方可進行正式的 Nanopore 上機測序?qū)嶒灐?/font>

四、單細(xì)胞測序剩余樣本用于新的科研發(fā)現(xiàn)：

由于現(xiàn)階段三代全長測序的準(zhǔn)確性不夠高，考慮到后續(xù)驗證工作，比較建議在單細(xì)胞上機之后，將剩余的細(xì)胞樣品進行凍存，從 DNA、RNA、蛋白三個層面開展后續(xù)驗證實驗：

1、DNA 水平：

在我們前期測試中發(fā)現(xiàn)，三代原始數(shù)據(jù)中基因單核苷酸結(jié)構(gòu)變異 SNV(RNA 層面的 SNP、Indel)? 較多，為了拿到準(zhǔn)確的，與 DNA 層面一致的突變信息，就需要結(jié)合 DNA 層面的檢測來共同篩選核心突變。有兩種做法：

第一，同時將腫瘤患者的外周血和單細(xì)胞實驗剩下的腫瘤細(xì)胞做全外顯子測序（兩個樣品的市場價合計不超 5000 元），通過 ? 腫瘤組織測出來的突變 ? 扣掉 ? 自身 PBMC? 的胚系突變，可以得到體細(xì)胞突變，將這些突變 ? 基因位點作為核心突變，利用自動化腳本，提取 ? 三代數(shù)據(jù)中的原始 reads，這些 reads 都帶有的 ?Cell?barcode 信息可以定位到突變所在的細(xì)胞與亞群！即可通過擬時序算法分析突變細(xì)胞 vs 非突變細(xì)胞的發(fā)育分化軌跡。

第二：做全基因組重測序（可以根據(jù)具體課題決定是否還需收集 PBMC），發(fā)現(xiàn)拷貝數(shù)變異 CNV，以及融合基因信息，將這些信息與三代全長進行聯(lián)合分析。后續(xù)分析內(nèi)容也極為豐富，可以展開多個科研角度的解釋。

2、RNA 水平：

在三代全長拿到特征性轉(zhuǎn)錄本之后，還需要做后續(xù)驗證，如果序列較少，可以通過 5'RACE、3'RACE 實驗拉全長獲得準(zhǔn)確序列；如果候選轉(zhuǎn)錄本序列較多，也可以通過 Pacbio 直接做 ?Bulk? 測序（可以混樣測一份即可，目的是拿到序列），再結(jié)合單細(xì)胞全長轉(zhuǎn)錄本的特異性表達規(guī)律，可以快速、低成本獲得這些序列的完整信息，下一步即可通過構(gòu)建動物模型，開展功能驗證工作。

3、蛋白層面：

現(xiàn)階段的單細(xì)胞測序大多是以基因作為靶點，但是從已經(jīng)發(fā)表的上萬篇單細(xì)胞數(shù)據(jù)中，也經(jīng)常發(fā)現(xiàn)基因的表達特異性并不強，這個是現(xiàn)階段單細(xì)胞測序需要升級改進的核心關(guān)鍵點。而在真實組織中，基因在不同亞群中使用不同的轉(zhuǎn)錄本編碼多種蛋白產(chǎn)物。有了單細(xì)胞全長轉(zhuǎn)錄本技術(shù)，也就意味著可以將靶點發(fā)現(xiàn)從基因細(xì)化為轉(zhuǎn)錄本，挖掘轉(zhuǎn)錄本的蛋白編碼產(chǎn)物。因此，臨床轉(zhuǎn)化最核心的一步：膜蛋白層面，可以依靠全長轉(zhuǎn)錄本獲得一些全新的發(fā)現(xiàn)。

現(xiàn)有的蛋白質(zhì)質(zhì)譜技術(shù)無法做到 ? 針對單個細(xì)胞進行廣泛的蛋白質(zhì)檢測，但是蛋白質(zhì)的編碼序列都是從 RNA 層面的轉(zhuǎn)錄本翻譯過來，轉(zhuǎn)錄本序列的檢測比蛋白質(zhì)的檢測要容易很多。所以，這個里面就依托一套簡單的邏輯：從 DNA 到 RNA 到蛋白的中心法則，即可做到通過單細(xì)胞全長轉(zhuǎn)錄本測序，發(fā)現(xiàn)亞群特異性轉(zhuǎn)錄本，再將轉(zhuǎn)錄本序列預(yù)測的多肽產(chǎn)物與蛋白質(zhì)譜打出來的多肽產(chǎn)物進行匹配，發(fā)現(xiàn)一條潛在的轉(zhuǎn)錄本 + 編碼產(chǎn)物，即為一條新型潛在靶點。其實，在腫瘤新抗原發(fā)現(xiàn)領(lǐng)域，這套序列預(yù)測 + 質(zhì)譜檢測的策略已經(jīng)非常成熟并目較為實用，因此，可以基干中心法則將這套成熟策略轉(zhuǎn)用到單細(xì)胞全長轉(zhuǎn)錄本發(fā)現(xiàn)新型蛋白編碼產(chǎn)物領(lǐng)域。

總結(jié)

綜上所述，單細(xì)胞全長轉(zhuǎn)錄本更適合做新鮮樣品，整體實驗過程并不復(fù)雜，基本上現(xiàn)階段單細(xì)胞科技服務(wù)類公司都能實現(xiàn)，只需要在幾個細(xì)節(jié)上稍加注意即可。

總結(jié)下來，單細(xì)胞全長測序的本質(zhì)只是對轉(zhuǎn)錄本加了 ? 細(xì)胞亞群 ? 的標(biāo)簽，方便從數(shù)萬條轉(zhuǎn)錄本快速篩選到特異性表達的少數(shù)轉(zhuǎn)錄本。這個并不是一套全新開發(fā)的技術(shù)，只能算是從 DNA 到 RNA 到蛋白的一整套符合中心法則的單細(xì)胞多組學(xué)的技術(shù)方案。在我們前期拜訪前沿課題組的過程中，有不少研究員曾想過這樣的方法，只是行業(yè)內(nèi)缺乏前人嘗試，我們深入思者過這些細(xì)節(jié)后，發(fā)現(xiàn)這套方案從樣品的選擇，測序?qū)嶒?，?shù)據(jù)呈現(xiàn)，均比現(xiàn)階段的單細(xì)胞二代測序更加實用，更加貼近臨床轉(zhuǎn)化。從另外一個角度，轉(zhuǎn)錄本是基因功能實現(xiàn)的最小細(xì)分單位，針對轉(zhuǎn)錄本研究的單細(xì)胞全長測序，算得上是轉(zhuǎn)錄組研究領(lǐng)域的終點站。

解析某腫瘤樣本單細(xì)胞全長轉(zhuǎn)錄本的實測數(shù)據(jù)

一、基礎(chǔ)質(zhì)控

詳細(xì)統(tǒng)計如下，實測基因是指在三代全長中測到的基因：

以膜蛋白為例，數(shù)據(jù)庫中收錄的人總膜蛋白有 5520 個，對應(yīng)轉(zhuǎn)錄本有 49893 條；在該樣品中測到了 1906 個（大部分膜蛋白不一定會在該腫瘤中表達），對應(yīng)轉(zhuǎn)錄本是 7739，其中與 Ensemble 完全匹配的轉(zhuǎn)錄本有 5401 條，新轉(zhuǎn)錄本 2338 條，意味著平均每個膜蛋白會表達 1 條新轉(zhuǎn)錄本。從總體統(tǒng)計來看，功能基因（膜蛋白、分泌蛋白、轉(zhuǎn)錄因子）會約 30% 的新轉(zhuǎn)錄本，IncRNA 由于目前數(shù)據(jù)庫收錄的并不多，所以有約 50% 的新 IncRNA。

二、轉(zhuǎn)錄本表達的可靠性：

如同二代單細(xì)胞測序一樣，三代全長測序同樣會統(tǒng)計每條轉(zhuǎn)錄本在該樣品中測到的總 count 數(shù)，截圖如下：

目前已經(jīng)發(fā)表的 SCI 文章，轉(zhuǎn)錄本 total?count>5 即可納入正常聚類分析，經(jīng)過實測建，議設(shè)置轉(zhuǎn)錄本 total?count>20（約占總轉(zhuǎn)錄本的 80%），作為驗證實驗的可靠候選。

三、轉(zhuǎn)錄本表達的特異性

單細(xì)胞全長轉(zhuǎn)錄本測序的一大核心應(yīng)用，是發(fā)現(xiàn)亞群的特征性轉(zhuǎn)錄本。單細(xì)胞二代 + 三代的合并聚類、注釋如下：

總計分 B ?cels、T?cels、Monocyte?cells、Epithelial?cells 四大群。更精細(xì)的注釋，如 Memory?B、Treg、Naive?T、ExhaustT、Mac 等我們會在后續(xù)章 節(jié)陸續(xù)展開討論。

以 CART 治療領(lǐng)域的某明星分子 MUC1 為例，二代測序基因表達情況如下如下：

不過，該基因在三代全長測序中，并未測到該基因的轉(zhuǎn)錄本，下文有對此類現(xiàn)象的討論。

另外一個明星癌基因 MUC2 的表達展示：

在三代全長數(shù)據(jù)中，MUC2 測到了多條 Ensemble 數(shù)據(jù)庫中未收錄的全新轉(zhuǎn)錄本：

經(jīng)過后續(xù)的序列比對（如下圖紅色區(qū)域），發(fā)現(xiàn)新轉(zhuǎn)錄本是已知轉(zhuǎn)錄本的一部分序列。

示例圖如下：

此外，全長轉(zhuǎn)錄本可以測到較多 lncRNA，下圖為 B 細(xì)胞中某條表達特異性 lncRNA：

綜合評價：

目前單細(xì)胞二代測序?qū)蜻M行表達定量的原理，是把該基因表達出來的所有轉(zhuǎn)錄本的 UM 進行求和，而三代測序是每條轉(zhuǎn)錄本進行單獨計數(shù)，如某個基因在在細(xì)胞的 count 值是 100，理論上來說，在三代轉(zhuǎn)錄本數(shù)據(jù)中，可以對應(yīng)找到 100 條轉(zhuǎn)錄本 UM1。不過，就實際情況來說，最終的數(shù)據(jù)產(chǎn)出都是依靠測序技術(shù)，現(xiàn)階段的三代測序成本仍然較高，如果以比較高的投入來測非常多的三代數(shù)據(jù)是不太現(xiàn)實的。也就是說，只能在成本與高期望之間，選擇一個比較適中的平衡。因此，是否選擇使用單細(xì)胞全長測序技術(shù)，有如下幾個建議：

1、傳統(tǒng)的 Bulk-seq 研究中，借助 illumina、MGISEQ、Pacbio、Nanopore 等二代、三代測序技術(shù)同樣可以測到較多的可變剪切、融合基因、新轉(zhuǎn)錄本等。唯一讓研究者困擾的是測到的新序列太多（2000+)，較難篩選過濾做后期功能驗證。單細(xì)胞全長轉(zhuǎn)錄本測序的一個優(yōu)勢，是對新測到的轉(zhuǎn)錄本加上 ? 細(xì)胞亞群 ? 的標(biāo)簽，可以比較快速的篩選，如腫瘤細(xì)胞、免疫細(xì)胞亞群中的特異性新轉(zhuǎn)錄本，節(jié)省下游驗證成本。這類課題是比較適合單細(xì)胞全長測序，最終結(jié)合實際數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)特異性轉(zhuǎn)錄本。

2、如果已經(jīng)指定了某個關(guān)鍵基因，想研究該基因是否在特定亞群中存在可變剪切或新轉(zhuǎn)錄本、融合基因等，比較建議先從已發(fā)表文章，或者公開數(shù)據(jù)庫（如 htps:/singlecell.broadinstitute.ore/single_cell) 中，預(yù)先査詢該基因的單細(xì)胞表達豐度。如果該基因表達量較低，并且亞群（如 T 細(xì)胞）的表達比例低于 50%，則要慎重選擇單細(xì)胞全長測序方法。解決方法是可以把這群細(xì)胞通過流式、磁珠等技術(shù)分選出來（人為富集），單獨對這群細(xì)胞進行單細(xì)胞二代 + 三代測序。

3、從上述的 MUC1 未檢測到轉(zhuǎn)錄本，而 MUC2 檢測到多條新轉(zhuǎn)錄本的例子來看，在現(xiàn)階段較低測序投入情況下，三代全長技術(shù)更傾向于測出來高豐度的轉(zhuǎn)錄本。從另外一個角度來說，如果某條轉(zhuǎn)錄本出現(xiàn)在三代全長的表達矩陣中，也就意味著該轉(zhuǎn)錄本在真實細(xì)胞中的基礎(chǔ)表達豐度仍然較高。這種方式相當(dāng)于過濾掉了低豐度的轉(zhuǎn)錄本，這個對于 siRNA 干擾、膜蛋白、lncRNA 項目來說算是增加了個較為可信的屬性。另外，如果一定要看 MUC1 基因的轉(zhuǎn)錄本，其實可以通過 IGV 導(dǎo)入二代測序的 BAM 文件，直接查看該基因的原始測序序列，可以在一定程度上通過已經(jīng)測到的這些 reads 來探索該 reads 分屬于哪條轉(zhuǎn)錄本（如果該基因存在多種轉(zhuǎn)錄本的話）。

4、單細(xì)胞三代全長可以直接給出來每條新轉(zhuǎn)錄本的序列，不過測序錯誤的情況也時常發(fā)生，所以后期驗證必不可少。